Jakub Černý nastupoval za Litvínov už v žákovských letech. V dorostu zamířil do Českých Budějovic, ale o čtyři roky později se vrátil zpět do svého mateřského klubu. V černožlutých barvách nastoupil v sezóně 2006/2007 k prvnímu utkání v extralize.

Za Litvínov odehrál jedenáct extraligových sezón s bilancí 167 bodů ve 487 zápasech za 87 gólů a 80 asistencí. Litvínovský forvard nejvíce zářil po boku olympijského vítěze z Nagana Roberta Reichela, se kterým hrál v jedné formaci. Mimo litvínovský klub působil také ve finské Ligaa, kde hrál za TPS Turku. Dvě sezóny strávil v běloruském Yunost Minsk, ve kterém v první sezóně vyhrál kanadské bodování soutěže a ve druhé mistrovský titul. 


V sezóně 2016/2017 se vrátil zpět do Litvínova. Výborný bruslař ale v letošní sezóně odehrál jen osmnáct utkání. Několik zápasů vynechal kvůli zranění a po příchodu Lukáše Kašpara z důvodu zkvalitnění ofenzívy se v několika utkáních nevešel do sestavy. „Kubu jsme před dvěma sezónami brali jako posilu do prvních dvou lajn. V letošní sezóně laboroval se zraněním. Po příchodu Kuby Petružálka, udržením Jury Mikúše a následném příchodu Lukáše Kašpara přišel o místo v prvních dvou formacích. Z tohoto důvodu jsme se rozhodli Kubu pustit a dát mu šanci uplatnit se v jiném klubu. Děkujeme mu za jeho odvedené služby a přejeme mnoho úspěchů v další kariéře,“ říká generální ředitel klubu Jiří Šlégr.